Эндоскопическое отделение – единственное отделение в муниципальном образовании Туапсинский район. Для диагностики и лечения используется эндоскопическое оборудование фирмы «Wolf» и «Olympus». При помощи волокнистой оптики производятся исследования пищевода, желудка, двенадцатиперстной кишки (фиброгастродуоденоскопия), толстого кишечника (колоноскопия), прямой кишки (ректороманоскопия). Широко используются методы лапароскопического лечения: удаление желчного пузыря (лапароскопическая холецистэктомия) – в хирургии, удаление кист яичников, лечение бесплодия, внутреннего эндометриоза женской половой сферы (гинекологическое отделение). 

Оперативная лапароскопия – доступ в брюшную полость для выполнения лечебно-диагностических манипуляций, не требующий чревосечения, то есть послойного рассечения передней брюшной стенки. Операция осуществляется под контролем эндовидеокамеры, изображение с которой транслируется на цветной монитор с шестикратным увеличением, при помощи специальных инструментов, вводимых внутрь через небольшие отверстия – проколы диаметром около 5 мм. 

Принято считать, что основными преимуществами эндоскопической техники являются уменьшение интраоперационной травматизации пациента, сокращение срока пребывания в стационаре и быстрая реабилитация, лучший косметический эффект. Однако этот взгляд не в полной мере отражает роль лапароскопии в оперативной гинекологии, где она достигла своего максимального развития. 

Решение некоторых хирургических задач, таких как, например: устранение генитального эндометриоза, вообще невозможно без применения лапароскопии. Данная технология открыла новую эру в диагностике и лечении бесплодия, позволив добиться существенного улучшения результатов. Своевременное выявление и удаление кист яичников лапароскопическим доступом значительно сократило частоту рака яичников. 

Бронхоскоп с волоконной оптикой позволил осуществлять осмотр стенок трахеи и слизистой оболочки бронхов до уровня субсегментарных разветвлений, взятие бронхиального содержимого для бактериологических, цитологических и гистологических исследований, что позволило улучшить раннее выявление опухолевых и предопухолевых процессов, удалять инородные тела, располагающиеся в нижних отделах дыхательных путей. Кроме того, бронхоскоп используется в реанимационной практике для санации бронхиального дерева и введения лекарственных веществ. 

В хирургическом отделении, кроме эндоскопической техники оперативных вмешательств внедрена контактная литотрепсия - способ лечения камней мочевого пузыря и мочеточника. 

Появилась возможность неоперационного удаления камней мочеточников. Контактная уретролитотрепсия стала приоритетным альтернативным методом лечения мочекаменной болезни.